El expolio de San Isidoro se reparte entre Londres, Turín, Madrid, Salamanca y Toledo
La creación de las grandes bibliotecas del Escorial se hizo a base de lo que se llevaron, con órdenes expeditivas del Rey, de las catedrales y abadías que, como San Isidoro, eran de Patronato Real
«... En los anales de la casa de San Isidoro figura esta noche con el nombre de la noche satánica, y en los libros ha quedado la descripción de aquellos actos de bandidaje. Allí se consigna que Barthelemi, ayudante mayor de Dragones del número 11 se llevó el frontal, la urna del monumento, dos cálices, cinco cornucopias y las tres rojas de las reliquias del altar mayor, el viril donde está el Señor manifiesto, un cáliz con el pie de metal y 25 ternos de los de mayor valor...». Así describía en el diario Proa Ángel Suárez el expolio que la afrancesada supuso para los tesoros de la Colegiata.
Y es que el cofre de joyas isidorianas se reparte por toda España, Reino Unido e Italia. A lo que custodia el Museo Arqueológico Nacional, como la arqueta de ágatas y plata, hay que añadir el Códice Sacramentario del siglo XII y el libro copiador de cartas del abad Zuñiga, que se encuentran en la British Library o el fragmento de cobre esmaltado de la arqueta de los esmaltes que aún conserva San Isidoro. Se encuentra en el Museo Cívico di Arte Antica, en Turín. Además, la Biblioteca Lorenzana de Toledo conserva el códice que copia las obras de Santo Martino de León -"identificado por Antonio Viñayo-" y la Biblioteca Universitaria de Salamanca resguarda el códice medieval de obras de Pedro Lombardo, procedente del colegio priorato de Santa María de la Vega. Pero sin duda es Madrid la ciudad con más piezas procedentes de San Isidoro. Cabe destacar el códice del comentario al Apocalipsis de Beato de Liébana -"Biblioteca Nacional-" o la Real Academia de Historia, donde se conserva el códice de crónicas latinas.
Alejandro Valderas cuenta que la primera pérdida patrimonial que sufrió San Isidoro tuvo lugar en el siglo XI, cuando se trasladaron a Oviedo las reliquias de los santos Pelayo de Córdoba y Vicente de Ávila con el fin de que cayeran en manos de los musulmanes. Un siglo después, cuando la ciudad fue tomada por el rey Alfonso de Aragón, el Batallador recurrió a destrozar los altares de la Basílica en busca de oro para pagar a sus ejércitos. Se llevó imágenes de santos forradas de oro, frontales del altar y relicarios. Además, la mala situación económica hizo que a finales del siglo XVI se vendiesen muchos libros, procedentes de la herencia de abades y canónigos. «El florecimiento de los estudios humanísticos del siglo XVI supuso la edición de muchas obras en Madrid y Alcalá, para cuya confección se copiaban códices antiguos o se prestaban», destaca Valderas, que añade que San Isidoro perdió así los códices medievales.
Lo mismo ocurrió en torno al 1600 con la creación de las grandes bibliotecas del Escorial y el Conde Duque de Olivares. «Ambas se hicieron a base de lo que trapiñaron, con órdenes expeditivas de los Reyes, de las catedrales y Abadías que, como San Isidoro, eran de Patronato Real», subraya el archivero. Asimismo, del periodo 1808 a 1870 se documenta la venta a museos de toda Europa de piezas que por su estilo corresponden al tesoro de San Isidoro. A todo esto hay que unir lo que desapareció durante la invasión napoleónica y la Desamortización.