El museo contará con tres espacios: el de la exposición permanente, la temática y la de muestras temporales

Una vez se haya inaugurado Pallarés, el museo de San Marcos se mantendrá con un sentido alternativo. Las piezas propias del Parador se integrarán en un centro de interpretación del monumento. En las diferentes salas se informará a los visitantes acerca de la Orden de Santiago y de la historia del centro hasta nuestros días. Por su parte, el Museo de León se diferenciará en tres partes a efectos expositivos. En la primera de ellas, la más grande, se instalará la exposición permanente y se constituirá en una suerte de trazado histórico del territorio leonés. Será un testimonio de la presencia del hombre en la provincia desde el paleolítico hasta hoy. Este espacio ocupará dos plantas y parte de la tercera. Además, Luis Grau ha manifestado que estas salas recibirán una presentación novedosa. En segundo lugar, cabe destacar la exposición temática, que reflejará la idiosincrasia de la provincia. Así, se basará en las piezas de numismática y epigrafía. Inscripciones en piedra y monedas serán la base de este segundo espacio. En él no habrá orden cronológico, reservado para el primero de ellos. Por último, Pallarés contará con exposiciones temporales, un proyecto que girará alrededor de temas concretos y que estará muy bien dotado. El director del centro ha asegurado que el plan para la puesta en marcha de este tercer espacio estará listo en el mes de otoño de este año.