Paleopatología y ADN para desvelar las incógnitas
La investigación determinará, en primer lugar, si los restos que se encuentran en Miraflores son realmente los de los padres y hermano de Isabel La Católica. Para ello, se realizará un estudio genético de cada uno de los restos encontrados en el panteón. Por lo general, en estos casos, se analiza el ADN mitocrondrial (el que sólo se transmite de madres a hijos), con lo que podría saberse si los restos que se encuentran en la Cartuja son realmente los del infante don Alfonso e Isabel de Portugal. Pero, además, también se hará el análisis del cromosoma Y (el masculino). El 95% de su ADN no se recombina, con lo que a partir de él puede obtenerse ADN exclusivamente masculino. En cuanto a la investigación antropológica, se podrá obtener el sexo, la estatura y la edad de muerte de los individuos. Desde el punto de vista de la paleopatología, se estudiarán los rastros de enfermedad dejados en los fósiles. Además, se analizarán las entesopatías, es decir las huellas de fracturas, caídas, artrosis o manifestaciones patológicas en el tendón o los ligamentos. A través del estudio paleopatológico se puede conocer por ejemplo las heridas de espada que pudieron sufrir los individuos objeto de estudio, las caídas y repercusiones que éstas pudieron tener sobre la vida posterior y las deformaciones físicas. Por otro lado, las investigaciones también conducirán a averiguar cómo eran realmente los rostros de los reyes y el infante, en el caso de que se demuestre finalmente que los cráneos pertenecen a los miembros de la familia real. Hay que tener en cuenta que, al igual que ocurriera con el Panteón Real de San Isidoro, la Cartuja de Miraflores sufrió el expolio de los soldados franceses, con la consiguiente intoxicación de restos.