La colegiata está a la espera de 4,2millones de Caja Madrid y la Junta

San Isidoro está a la espera de recibir 4,2 millones de euros, para rehabilitar fundamentalmente las valiosas pinturas del Panteón Real, conocido tambien como la Capilla Sixtina del románico, así como para restaurar la fachada meridional de la Colegiata, que se encuentra en un avanzado estado de deterioro. A pesar de que los frescos del Panteón Real no sufren graves problemas, los expertos sí han detectado «pérdidas puntuales de material pétreo, suciedad generalizada, pulverización de película pictórica en zonas de pintura no restauradas o reintegraciones volumétricas defectuosas». El abad de San Isidoro no se atreve a aventurar el comienzo de estos trabajos. El proyecto de reforma de las salas expositivas del Museo de San Isidoro se aprobó en el año 2000 con cargo al 1% Cultural, pero nunca se ejecutó. Hace dos años la Junta anunció que asumiría esta rehabilitación pendiente y que su intención era llevar a cabo una remodelación integral del museo, así como la inclusión en el mismo de nuevos espacios, como la capilla de los Quiñones y la de los Castañones. Estas actuaciones, según los planes de Caja Madrid, permitirán en el plazo de unos cuatro años mostrar el conjunto monumental de San Isidoro en un estado de conservación parejo a su importancia artística». Recientemente la Junta destinaba 233.000 euros para reparar el tejado de San Isidoro, que no se había tocado en el último medio siglo.