El triunfo en el Tour de 1999 se fraguó en dos etapas en las que dio positivo

Armstrong sentenció el Tour de 1999, el primero de los siete que ha ganado, en dos de las etapas en las que, según el laboratorio francés de Chatenay-Malabry, su orina contenía restos de eritropoietina (EPO). El 3 de julio de 1999, Armstrong se vistió de amarillo en el arranque de la edición 86 del Tour al imponerse en la etapa prólogo, disputada en Puy du Fou sobre un recorrido de 6,8 kilómetros que recorrió en ocho minutos y dos segundos. El segundo mejor tiempo fue para el suizo Alex Zuelle (Banesto), que junto a Armstrong había partido como uno de los favoritos, y el tercero para el español Abraham Olano (ONCE), que invirtió 8:13, cuatro segundos más que Zuelle (8:09). Diez días después, en la novena etapa, Armstrong dictó sentencia en el trayecto entre Le Grand Bornand y Sestriere, de 213,5 kms, primera de alta montaña por los Alpes, que se adjudicó con una exhibición de fuerza en la subida a Sestriere. Al día siguiente, en la décima, Sestriere-Alpe D'Huez, de 220,5 km.), la victoria fue para el italiano Giuseppe Guerini, que escapó a la vigilancia de sus siete compañeros de escapada. Después de su exhibición de Sestriere, Armstrong se limitó a seguir la rueda de sus rivales sin arriesgar. La duodécima etapa, el 16 de julio, de 201,5 km. y con final en Saint Flour, tuvo como vencedor al español David Etxebarría (ONCE). Armstrong salvó sin problemas la jornada y se mostró muy disgustado con algún sector de la prensa que desconfiaba de su alto rendimiento y quiso exteriorizar su enfado en Saint Galmier y se retrasó en el protocolario acto del control de firmas. Por la mañana el estadounidense pasó, junto a otros 39 corredores, control de sangre de la UCI. Ninguno superó el límite del 50 por ciento en el hematócrito. La decimocuarta etapa, última de las seis en las que la orina de Armstrong contenía EPO, según se ha sabido ahora, se disputó el 18 de julio y concluyó, al cabo de 199 km desde Castres, en la turística ciudad de Saint Gaudens, a pies de los Pirineos, con el triunfo del ruso Dimitri Konishev. La jornada fue tranquila para Armstrong, que seguía en el centro de los rumores sobre los supuestos privilegios que gozaba, en materia de control antidopaje, por su pasada enfermedad (un cáncer de testículos con metástasis cerebral). El médico del estadounidense reiteró que su paciente no seguía ya ningún tratamiento y que el cáncer había desaparecido.